Com ajuda do Animus, uma tecnologia revolucionária que desbloqueia memórias genéticas e faz com que a pessoa viva o passado sob os olhos de seus antepassados, Callum Lynch passa a presenciar as aventuras de seu ancestral, Aguilar, na Inquisição Espanhola do século XV.

Callum descobre ser descendente de uma misteriosa sociedade secreta, a Irmandade dos Assassinos, que luta pelo direito do livre-arbítrio dos homens e que, ao longo dos anos, acumulou incríveis conhecimentos e habilidades que são usados no combate à poderosa e tirana Ordem dos Templários, uma organização que busca aprimorar a humanidade por meio da ciência.

Numa jornada inacreditável pelo passado, Callum terá uma segunda chance. E descobrirá que seu destino está guardado em seu sangue.