O jovem Owen finalmente tem a chance de limpar a honra do pai, que morreu na prisão, acusado de um crime que o garoto tem certeza de que ele não cometeu. Por meio do Animus, máquina que permite quem a usa viver as memórias dos seus antepassados, o lendário Tridente do Éden é revelado. Duas organizações secretas, a Irmandade dos Assassinos e a Ordem dos Templários, estão em guerra há séculos e não irão descansar enquanto não tiverem esse artefato sob seu poder. Logo, Owen percebe que a única forma de permanecer a salvo é encontrando o Tridente antes de todos.

Ele e outros jovens partem numa jornada dentro de uma memória que dividem, em seu DNA: a Nova York de 1863, em meio aos motins que tomaram a cidade naquela época. O grupo será testado pela violência das pessoas em meio à revolta, e tudo sem poder interferir nas injustiças e crueldades que presenciam. Afinal, o passado já está escrito. O que nenhum deles sabe é que sua experiência com o passado terá grandes implicações no presente. E aqui que o futuro é incerto. Tudo pode acontecer.